Seqüenciamento completo do genoma apenas a meio caminho

Nancy Shute na NPR escreveu recentemente,

"Há mais de uma década, os cientistas têm dito que uma revolução genômica transformará a medicina, possibilitando a varredura de todo o DNA de uma pessoa para prever o risco e personalizar os cuidados médicos.

Bem, nós temos as máquinas. Onde está a revolução? "

Pesquisadores da Universidade de Stanford ajudaram a explicar a suspensão em seu relatório publicado recentemente no Journal of the American Medical Association (JAMA).

O relatório descreve um estudo que buscou identificar os pontos fortes e fracos da aplicação clínica do seqüenciamento do genoma integral. Doze adultos saudáveis ​​foram sequenciados e cada um encontrou entre duas e seis mutações genéticas que estão ligadas à doença. Provavelmente, esse conhecimento é uma força, mas houve algumas fraquezas claras.

Nove dos 12 participantes tiveram seus resultados iniciais da Illumina Inc confirmados por uma segunda empresa, Complete Genomics Inc, para avaliar a reprodutibilidade dos resultados. Foi descoberto que

"Menos de um terço das variantes de inserção / deleção em genes de doenças hereditárias foram confirmadas pela segunda plataforma de seqüenciamento".

Além disso, descobriu-se que

"Dependendo da plataforma de seqüenciamento, entre 10% e 19% dos genes da doença hereditária não foram consistentemente cobertos com uma profundidade de leitura suficiente para um levantamento abrangente das variantes genéticas".

Devido à inconsistência dos dados, os clínicos do estudo não tinham certeza do que informar aos participantes e, muitas vezes, discordavam entre eles sobre o que outras ações recomendavam.

Um participante descobriu que ela teve uma mutação no gene BRCA1 e escolheu retirar os ovários como medida preventiva contra o maior risco de câncer de ovário que a mutação confere. Nenhum outro resultado acionável foi mencionado.

O estudo concluiu que há grandes desafios a serem superados antes que o seqüenciamento completo do genoma (WGS) possa ser utilizado em um ambiente clínico. Ele afirma que o WGS é

"Associado a cobertura incompleta de genes de doenças hereditárias, baixa reprodutibilidade de variação genética com os maiores efeitos clínicos potenciais e incerteza sobre achados WGS clinicamente relatáveis".

A Fundação PHG recentemente publicou um relatório sobre o uso clínico de seqüenciamento genômico completo que destacou uma série de "desafios para fornecer resultados confiáveis ​​e úteis e os riscos potenciais para os pacientes e o serviço de saúde se esses desafios não forem superados".

No entanto, quando observamos os desafios do WGS tornando-se úteis em um cenário clínico, não devemos assumir automaticamente que a superação deles resultará no resultado mais desejável. Enquanto as empresas de testes genéticos e as empresas farmacêuticas têm um poderoso incentivo econômico para comercializar esse produto para novos clientes, é certamente possível que o que faz sentido para os pacientes é manter o WGS para fins específicos.

A mudança que o WGS promete é um foco em cuidados de saúde personalizados com base em uma compreensão completa dos genes de alguém. Mas também é uma mudança para o cuidado preventivo de doenças que podem ou não aparecer. Enquanto algumas pessoas vão apreciar esse conhecimento, outras podem se sentir sobrecarregadas por isso. Nem todo mundo quer saber que eles têm um risco aumentado de morrer de uma doença que eles não podem fazer nada para evitar.

Anne Wojcicki, CEO da 23andMe, gosta de argumentar que a genômica pessoal vai reduzir os custos de saúde, mas não há provas disso. O custo do seqüenciamento e a interpretação para o estudo JAMA (não incluindo os custos a jusante de testes clínicos e referências) vieram a cerca de US $ 15.000 por participante. Embora isso seja significativamente menor do que os custos do WGS costumava ser, ainda é muito dinheiro para poucas informações úteis.

Donna Dickenson faz o argumento em seu livro Me Medicine vs. We Medicine que, embora a saúde personalizada mostre potencial em alguns casos, pode custar o nosso compromisso com as iniciativas de saúde pública. Um comentário de Geraldine Merola no artigo NPR destaca o ponto,

"US $ 15K cada um e eles testaram 12 assuntos para encontrar uma mutação que pode ou não levar ao câncer de mama … $ 180,000 é um monte de mamografias!"